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2016 Q5(4)(5)

欠測のメカニズムがMCARであるか検定する手法の有効性について学びました。

 

コード

MCARと非MCARの場合のd^2の分布を、棄却域とともに描画をしてみます。

# 2016 Q5(4)  2024.11.30

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import f

# シミュレーションパラメータ
n = 100  # 全サンプル数
m = 60   # 観測可能なデータ数
repeats = 1000  # シミュレーション回数
alpha = 0.05  # 有意水準

# F分布の上位5%点を計算
df1 = 1  # F分布の分子自由度
df2 = n - 2  # F分布の分母自由度
F_critical = f.ppf(1 - alpha, dfn=df1, dfd=df2)

# d^2 の上位5%点を計算
d2_critical = (n - 1) * F_critical / (n - 2 + F_critical)

# MCARデータの生成
def generate_mcar_data(n, m):
    X = np.random.normal(0, 1, n)
    Y = np.random.normal(0, 1, n)
    observed_indices = np.random.choice(n, m, replace=False)  # ランダムにm個観測
    X_obs, Y_obs = X[observed_indices], Y[observed_indices]
    X_miss = np.delete(X, observed_indices)  # 欠測部分
    return X_obs, X_miss

# MCARではないデータの生成 (欠測がXに依存)
def generate_non_mcar_data(n, m):
    X = np.random.normal(0, 1, n)
    Y = np.random.normal(0, 1, n)
    # ロジスティック関数を使用して、全実数を0~1の確率に変換
    prob = 1 / (1 + np.exp(-X))  # Xに依存した欠測確率
    observed_indices = np.random.choice(n, m, replace=False, p=prob / prob.sum())
    X_obs, Y_obs = X[observed_indices], Y[observed_indices]
    X_miss = np.delete(X, observed_indices)  # 欠測部分
    return X_obs, X_miss

# d^2 の計算
def calculate_d2(X_obs, X_miss):
    n = len(X_obs) + len(X_miss)
    m = len(X_obs)
    X_bar = np.mean(np.concatenate([X_obs, X_miss]))
    X_obs_bar = np.mean(X_obs)
    X_miss_bar = np.mean(X_miss)
    S2 = np.var(np.concatenate([X_obs, X_miss]), ddof=1)
    d2 = (1 / S2) * (m * (X_obs_bar - X_bar)**2 + (n - m) * (X_miss_bar - X_bar)**2)
    return d2

# MCARデータと非MCARデータで帰無仮説を棄却した割合を計算
results_mcar = [calculate_d2(*generate_mcar_data(n, m)) > d2_critical for _ in range(repeats)]
results_non_mcar = [calculate_d2(*generate_non_mcar_data(n, m)) > d2_critical for _ in range(repeats)]

# 結果を出力
mcar_rejection_rate = np.mean(results_mcar) * 100  # 棄却率 (%)
non_mcar_rejection_rate = np.mean(results_non_mcar) * 100  # 棄却率 (%)
print(f"MCARデータで帰無仮説を棄却した割合: {mcar_rejection_rate:.2f}%")
print(f"非MCARデータで帰無仮説を棄却した割合: {non_mcar_rejection_rate:.2f}%")

# MCARデータと非MCARデータのd^2値を収集
d2_values_mcar = [calculate_d2(*generate_mcar_data(n, m)) for _ in range(repeats)]
d2_values_non_mcar = [calculate_d2(*generate_non_mcar_data(n, m)) for _ in range(repeats)]

# 理論的なd^2の曲線を計算するためのx軸範囲を設定
x_theoretical = np.linspace(0, max(max(d2_values_mcar), max(d2_values_non_mcar)), 500)

# d^2の理論的な確率密度関数を計算
d2_pdf_theoretical = f.pdf(x_theoretical * (n - 2) / (n - 1 - x_theoretical), dfn=df1, dfd=df2)
scaling_factor = (n - 2) / (n - 1)
d2_pdf_theoretical *= scaling_factor

# ヒストグラムの可視化
plt.figure(figsize=(12, 6))

# MCARデータのヒストグラム
plt.hist(d2_values_mcar, bins=30, alpha=0.7, label="MCARデータ", color="blue", density=True)

# 非MCARデータのヒストグラム
plt.hist(d2_values_non_mcar, bins=30, alpha=0.7, label="非MCARデータ", color="orange", density=True)

# 理論的な曲線をプロット
plt.plot(x_theoretical, d2_pdf_theoretical, label="理論的な $d^2$ 分布", color="green", linewidth=2)

# 臨界値をラインで表示
plt.axvline(d2_critical, color="red", linestyle="--", label=r"$d^2$ の臨界値", linewidth=2)

# グラフの装飾
plt.title(r"$d^2$ の分布と理論曲線: MCAR vs 非MCAR", fontsize=14)
plt.xlabel(r"$d^2$ の値", fontsize=12)
plt.ylabel("密度", fontsize=12)
plt.legend(fontsize=12)
plt.grid(alpha=0.3)

# x軸の範囲を制限
plt.xlim(0, 20)

plt.tight_layout()
plt.show()
MCARデータで帰無仮説を棄却した割合: 4.10%
非MCARデータで帰無仮説を棄却した割合: 91.70%

これらの結果から、有意水準を基準にした検定がMCARと非MCARの違いを正確に識別できることが確認されました。

次に、分散の違いを検出するため、非MCARの観測データと欠測データについてF検定を実施します。分布を可視化するとともに、F値とp値を計算して結果を確認します。

# 2016 Q5(5)  2024.12.1

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import f

# データ生成関数
def generate_non_mcar_data(n, m):
    """非MCARデータ生成: Xに依存して欠測"""
    X = np.random.normal(0, 1, n)  # 母集団は正規分布
    Y = np.random.normal(0, 1, n)  # ただし今回は使用しない
    prob = 1 / (1 + np.exp(-5 * X))  # 欠測確率 (Xに依存)
    observed_indices = np.random.choice(n, m, replace=False, p=prob / prob.sum())
    X_obs = X[observed_indices]
    X_miss = np.delete(X, observed_indices)
    return X_obs, X_miss

# パラメータ設定
n = 100  # 全体のサンプル数
m = 60   # 観測されるサンプル数

# 非MCARデータ生成
X_obs, X_miss = generate_non_mcar_data(n, m)

# 平均と分散の計算
mean_obs = np.mean(X_obs)
var_obs = np.var(X_obs, ddof=1)
mean_miss = np.mean(X_miss)
var_miss = np.var(X_miss, ddof=1)

# F検定
F_statistic = var_obs / var_miss  # F値
df1 = m - 1  # 観測データの自由度
df2 = n - m - 1  # 欠測データの自由度
p_value = 2 * min(f.cdf(F_statistic, df1, df2), 1 - f.cdf(F_statistic, df1, df2))

# 結果の表示
print(f"観測データの平均: {mean_obs:.5f}, 分散: {var_obs:.5f}")
print(f"欠測データの平均: {mean_miss:.5f}, 分散: {var_miss:.5f}")
print(f"F値: {F_statistic:.5f}")
print(f"p値: {p_value:.5f}")

# 可視化
plt.figure(figsize=(12, 6))

# ヒストグラムをプロット
plt.hist(X_obs, bins=15, alpha=0.7, label=f"観測データ (平均: {mean_obs:.2f}, 分散: {var_obs:.2f})", color="blue", density=True)
plt.hist(X_miss, bins=15, alpha=0.7, label=f"欠測データ (平均: {mean_miss:.2f}, 分散: {var_miss:.2f})", color="orange", density=True)

# グラフ設定
plt.title("非MCARの観測データと欠測データの分布", fontsize=14)
plt.xlabel("値", fontsize=12)
plt.ylabel("密度", fontsize=12)
plt.legend(fontsize=10)
plt.grid(alpha=0.3)
plt.show()
観測データの平均: 0.67735, 分散: 0.55682
欠測データの平均: -0.88573, 分散: 0.46808
F値: 1.18958
p値: 0.57003

p値0.57003は有意水準を大きく上回り、非MCARの観測データと欠測データの分散に統計的な差があるとは言えません。また、グラフからも両者のばらつきに大きな違いがないことが視覚的に確認されました。

2016 Q5(3)

2群の一元配置分散分析のF検定が、2群の差の両側T検定と、本質的に同等であることを示しました。

 

コード

t検定(自由度n-2)と F 検定(自由度1,n-2)の p 値が等しいかシミュレーションによって検証してみます。

# 2016 Q5(3)  2024.11.29

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import t, f

# シミュレーションパラメータ
n = 100  # サンプルサイズ
repeats = 10000  # シミュレーションの繰り返し回数
alpha = 0.05  # 有意水準

# 自由度
df1 = 1  # F検定の分子自由度
df2 = n - 2  # F検定の分母自由度(t分布の自由度と一致)

# 検定結果の一致数を記録
agreement_count = 0

# p値を格納するリスト
p_values_t = []
p_values_f = []

# シミュレーションを実行
for _ in range(repeats):
    # 2群のデータを生成
    group1 = np.random.normal(loc=0, scale=1, size=n // 2)
    group2 = np.random.normal(loc=0, scale=1, size=n // 2)

    # 群間平均差の標準誤差
    pooled_var = ((np.var(group1, ddof=1) + np.var(group2, ddof=1)) / 2)
    se = np.sqrt(pooled_var * 2 / (n // 2))

    # t統計量
    t_stat = (np.mean(group1) - np.mean(group2)) / se
    t_squared = t_stat**2

    # F統計量
    f_stat = t_squared  # t^2 = F の関係を利用

    # 両検定のp値を計算
    p_value_t = 2 * (1 - t.cdf(np.abs(t_stat), df=df2))  # 両側検定
    p_value_f = 1 - f.cdf(f_stat, dfn=df1, dfd=df2)  # F検定の片側p値

    # p値を保存
    p_values_t.append(p_value_t)
    p_values_f.append(p_value_f)

    # 両検定が同じ結論を出したか確認
    reject_t = p_value_t < alpha  # t検定の結果
    reject_f = p_value_f < alpha  # F検定の結果

    if reject_t == reject_f:
        agreement_count += 1

# 一致率を計算
agreement_rate = agreement_count / repeats

# 結果を出力
print(f"t^2 検定と F 検定が一致した割合: {agreement_rate:.2%}")

# 散布図を作成
plt.figure(figsize=(8, 6))
plt.scatter(p_values_t, p_values_f, alpha=0.5, s=10, label="p値の散布図")
plt.plot([0, 1], [0, 1], 'r--', label="$y=x$")  # y=xの基準線
plt.title(r"t検定(自由度 $n-2$)と F 検定(自由度 1, $n-2$)の p 値の比較", fontsize=14)
plt.xlabel("t検定のp値", fontsize=12)
plt.ylabel("F検定のp値", fontsize=12)
plt.legend(fontsize=12)  # 凡例を追加
plt.grid(alpha=0.3)  # グリッドを薄く表示
plt.show()
t^2 検定と F 検定が一致した割合: 100.00%

t検定(自由度n-2)と F 検定(自由度1,n-2)の p 値が等しいことがシミュレーションによって確認されました。両検定が同等であることが示されました。

次に、t分布(自由度n-2)と F分布(自由度1,n-2)を描画します。また、t分布の臨界点|t|=1,2と、対応するF分布の臨界点F=1,4(F=T^2に基づく)を示し、それらで区切られた領域の確率を計算し、それらを視覚的に確認してみます。

# 2016 Q5(3)  2024.11.29

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import t, f

# パラメータ設定
n = 12  # サンプルサイズ(自由度は n-2)
df1 = 1  # F分布の分子自由度
df2 = n - 2  # t分布とF分布の分母自由度
x_t = np.linspace(-5, 5, 500)  # t分布用のx軸範囲
x_f = np.linspace(0, 25, 500)  # F分布用のx軸範囲

# t分布とF分布の確率密度関数を計算
t_pdf = t.pdf(x_t, df=df2)  # t分布のPDF
f_pdf = f.pdf(x_f, dfn=df1, dfd=df2)  # F分布のPDF

# t分布の新しい臨界点
critical_t_1 = 1  # ±1
critical_t_2 = 2  # ±2

# F分布の新しい臨界点
critical_f_1 = 1  # F=1
critical_f_2 = 4  # F=4

# P値の計算
# t分布のP値
p_t_between = 2 * (t.cdf(critical_t_2, df=df2) - t.cdf(critical_t_1, df=df2))  # 1 <= |t| <= 2
p_t_outside = 2 * (1 - t.cdf(critical_t_2, df=df2))  # |t| > 2

# F分布のP値
p_f_between = f.cdf(critical_f_2, dfn=df1, dfd=df2) - f.cdf(critical_f_1, dfn=df1, dfd=df2)  # 1 <= F <= 4
p_f_outside = 1 - f.cdf(critical_f_2, dfn=df1, dfd=df2)  # F > 4

# P値の結果を表示
print("t分布のP値:")
print(f"  1 <= |t| <= 2 の P値: {p_t_between:.5f}")
print(f"  |t| > 2 の P値: {p_t_outside:.5f}")

print("\nF分布のP値:")
print(f"  1 <= F <= 4 の P値: {p_f_between:.5f}")
print(f"  F > 4 の P値: {p_f_outside:.5f}")

# 可視化
plt.figure(figsize=(12, 6))

# t分布のプロット
plt.subplot(1, 2, 1)
plt.plot(x_t, t_pdf, label=r"$t$分布 (自由度 $n-2$)", color="blue")
plt.axvline(-critical_t_1, color="red", linestyle="--", label=r"臨界値 ($|t| = 1$)")
plt.axvline(critical_t_1, color="red", linestyle="--")
plt.axvline(-critical_t_2, color="orange", linestyle="--", label=r"臨界値 ($|t| = 2$)")
plt.axvline(critical_t_2, color="orange", linestyle="--")
plt.fill_between(x_t, t_pdf, where=(np.abs(x_t) <= critical_t_2) & (np.abs(x_t) >= critical_t_1), color="yellow", alpha=0.3, label=r"P値 ($1 \leq |t| \leq 2$)")
plt.fill_between(x_t, t_pdf, where=(np.abs(x_t) >= critical_t_2), color="orange", alpha=0.3, label=r"P値 ($|t| > 2$)")
plt.title("t分布と臨界値", fontsize=14)
plt.xlabel("t値", fontsize=12)
plt.ylabel("確率密度", fontsize=12)
plt.legend(fontsize=10)
plt.grid(alpha=0.3)
plt.xlim(-5, 5)
plt.ylim(0, 0.4)

# F分布のプロット
plt.subplot(1, 2, 2)
plt.plot(x_f, f_pdf, label=r"$F$分布 (自由度 $1, n-2$)", color="green")
plt.axvline(critical_f_1, color="red", linestyle="--", label=r"臨界値 ($F = 1$)")
plt.axvline(critical_f_2, color="orange", linestyle="--", label=r"臨界値 ($F = 4$)")
plt.fill_between(x_f, f_pdf, where=(x_f <= critical_f_2) & (x_f >= critical_f_1), color="yellow", alpha=0.3, label=r"P値 ($1 \leq F \leq 4$)")
plt.fill_between(x_f, f_pdf, where=(x_f >= critical_f_2), color="orange", alpha=0.3, label=r"P値 ($F > 4$)")
plt.title("F分布と臨界値", fontsize=14)
plt.xlabel("F値", fontsize=12)
plt.ylabel("確率密度", fontsize=12)
plt.legend(fontsize=10)
plt.grid(alpha=0.3)
plt.xlim(0, 10)
plt.ylim(0, 0.4)

plt.tight_layout()
plt.show()
t分布のP値:
  1 <= |t| <= 2 の P値: 0.26751
  |t| > 2 の P値: 0.07339

F分布のP値:
  1 <= F <= 4 の P値: 0.26751
  F > 4 の P値: 0.07339

t分布の臨界で区切られた領域の確率と、それに対応するF分布の領域の確率が一致することを確認しました。